27/07/2009

Time Event Activity
08:00 - 08:30 EBB Delivery of school material
08:30 - 10:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
10:00 - 10:30 EBB Coffee break and posters
10:30 - 12:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
12:00 - 13:30 - Lunch time (no activities)
13:30 - 14:00 EBB EBB opening
14:00 - 15:00 EBB

Lecture 1

Prof. Dr. Diógenes Santiago Santos
15:00 - 16:30 EBB Courses 4 , 5 , 6
16:30 - 17:00 EBB Coffee break and posters
17:00 - 18:30 EBB Courses  4, 5 , 6


28/07/2009

Time Event Activity
08:30 - 10:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
10:00 - 10:30 EBB Coffee break and posters
10:30 - 12:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
12:00 - 14:00 - Lunch time (no activities)
14:00 - 15:00 EBB

Lecture 2

Prof. Dr. Francisco Mauro Salzano
15:00 - 16:30 EBB Courses 4 , 5 , 6
16:30 - 17:00 EBB Coffee break and posters
17:00 - 18:30 EBB Courses  4, 5 , 6


29/07/2009

Time Event Activity
08:30 - 10:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
10:00 - 10:30 EBB Coffee break and posters
10:30 - 12:00 EBB Courses 1 , 2 , 3
12:00 - 14:00 - Lunch time (no activities)
14:00 - 15:00 EBB

Lecture 3

Prof. Dr. Sérgio Lifschitz
15:00 - 16:30 EBB Courses 4 , 5 , 6
16:30 - 17:00 EBB Coffee break and posters
17:00 - 18:30 EBB   4, 5 , 6
19:00 EBB Confraternization

 

EBB Lectures:

  • Lecture 1
                 "A Dor e a Santidade. O Caso da Tuberculose"
                 Prof. Dr. Diógenes Santiago Santos -
                    Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Tuberculose, TECNOPUC-PUCRS
     
  • Lecture 2

                 "A evolução como uma visão revolucionária do mundo"

                 Prof. Dr. Francisco Mauro Salzano

                 Departamento de Genética - UFRGS

  • Lecture 3
                 "Bancos de Dados Biológicos"

                 Prof. Dr. Sérgio Lifschitz

                 Departamento de Informática - PUC-Rio
               


  • EBB Courses:

  • Minicurso 1
                    Introdução a Docagem Molecular
    Instrutores
                    Osmar Norberto de Souza e Elisa Cohen
    Ementa:
                 Introdução ao reconhecimento molecular. Docagem molecular. Interação receptor-ligante. Banco de dados de macromoléculas (receptores). Banco de Dados de pequenas moléculas (ligantes). O software AutoDock para docagem molecular. Realizando docagem molecular com o Autodock. Análise e interpretação dos resultados de docagem molecular.



  • Minicurso 2
                   Mineração de Dados em Bioinformática
    Instrutores
                   Duncan D. A. Ruiz, Ana T. Winck e Karina S. Machado
    Ementa:
                  Introdução a mineração de dados. Principais aplicações de mineração de dados em bioinformática. Preparação de dados para mineração. O software WEKA para mineração de dados. Técnicas de mineração de dados: Classificação, Associação e Agrupamento. Realizando experimentos de mineração de dados com o WEKA. Análise e interpretação dos resultados.


  • Minicurso 3
                    Alinhamento de Seqüências e Filogenética
    Instrutores
                    Eduardo Eizirik e Taran Grant
    Ementa:
                 Introdução aos conceitos básicos de homologia, ancestralidade e divergência, e sua aplicação a seqüências moleculares. Alinhamento de seqüências de nucleotídeos e aminoácidos, e sua relevância para estudos evolutivos, genômicos e funcionais. Noções gerais de métodos utilizados em análises de filogenia molecular, incluindo máxima parcimônia, máxima verossimilhança, distância e inferência Bayesiana. Avaliação prática de algoritmos empregados em filogenia molecular, ilustrando suas características e aplicações.


  • Minicurso 4
                    Análise de Redes de Expressão Gênica
    Instrutores
                    Mauro A. Castro, José Luiz Rybarczyk, e Rodrigo J. Dalmolin
    Ementa:
                   Introdução a análise e construção de redes de interação protéica. Banco de dados de interações protéicas. Banco de Dados de expressão gênica. Softwares para construção de redes (Pajek, Medusa e BioLayout). Softwares para análise funcional (ViaComplex, GNATT). Análise e interpretação de transcriptomas.


  • Minicurso 5
                    Processamento da Linguagem Natural Aplicado a Bioinformática
    Instrutores
                    Caroline Gasperin, Rodrigo Rafael Villareal Goulart, Vera Strube de Lima e Renata Vieira
    Ementa:
                 Introdução ao processamento da linguagem natural (PLN). Introdução sobre os cenários em que PLN pode contribuir à pesquisa biomédica. Ontologias relacionadas à área biológica. Extração de informação de textos biomédicos. Reconhecimento de entidades nomeadas. Normalização de entidades nomeadas. Extração de relações e eventos entre entidades. Geração de hipóteses. Demonstração de softwares relacionados.
     

    Minicurso 6
                    Modelagem e Dinâmica Molecular
    Instrutores
                    Hermes Luís Neubauer de Amorim e Paulo Augusto Netz
    Ementa:
                 Modelagem molecular, noções gerais. Mecânica molecular: minimização de energia, esquemas de minimização de energia: steepest descent, gradientes conjugados. Fundamentos da simulação de dinâmica molecular: trajetórias no espaço de fases, sistemas dinâmicos, observáveis, condições periódicas de contorno, ensembles NPT, NVT, campos de força. Simulação de complexos. Métodos de cálculo de cargas atômicas. Estimando a afinidade entre ligante e receptor. Preparando e rodando uma simulação de dinâmica molecular de um complexo proteína-fármaco utilizando o pacote de programas Gromacs. Análise das simulações, observáveis dinâmicos e estáticos. Visualização e cálculo de propriedades estruturais e termodinâmicas.

  •  


     

     

    Sponsors


    (pending)

    ---------- ©2009. Renan Machado, rennan_machado@msn.com ----------